Vuonna 1968 joukko suomalaisia rautatieharrastajia huolestui Suomen kapearaiteisten yksityisrautateiden katoavaisuudesta. Hyvinkään ja Karkkilan välinen 45 kilometrin pituinen rautatie oli aktiivisista säilyttämisyrityksistä huolimatta juuri lakkautettu ja purettu, joten kolmestatoista yleiselle liikenteelle avattuna olleesta kapearaiteisesta rautatiestä oli jäljellä enää Jokioisten rautatie.

Alkusysäyksen Jokioisten rautatien pelastamiselle antoi juuri Hyvinkään-Karkkilan rautatien lakkautus, sillä rautatien omistanut Kymin Oy lahjoitti rautatieharrastajien yhteisölle Veturien Ystävät ry:lle (nykyisin Suomen Rautatiehistoriallinen Seura ry) HKR:n höyryveturin nro 5. Vuonna 1969 yhdistys osti Kymin Oy:ltä HKR:n matkustajavaunun hintaan 200 mk ja neljä yksityishenkilöä (Kari Tuomola, Hannu Haaki, Eljas Pölhö ja Vesa Venho) HKR:n umpitavaravaunun hintaan 400 mk.

Museojunaliikenne aloitettiin koemielessä Humppilan ja Forssan välillä 21.8.1971 pikakorjatun "Viitosen" vetäminä. Tällöin kulki ensimmäinen harrastajavoimin liikennöity juna maassamme. Saman vuoden lopulla, 26.11.1971, perustettiin Museorautatieyhdistys ry:n edeltäjä Museorautatie Forssa-Humppila ry.

Museorautatie Forssa-Humppila ry ehti vielä parina kesänä ajaa museojunia Humppilan ja Forssan välillä. Vuonna 1972 museojunassa tehtiin jo 3 604 matkaa. Sittemmin Jokioisten rautatie irtisanoi sopimuksen museoliikenteestä koko rautatien lakkauttamisen takia. Rataosa Forssa-Jokioinen purettiin jo 1974 ja Minkiö-Humppila seuraavana vuonna.

Yritykset pelastaa edes radan keskimmäinen osa Jokioinen-Minkiö johtivat Jokioisten Museorautatie Oy:n perustamiseen 1977. Purkamatta jäänyt 6,4 km:n mittainen osuus Minkiön ja Jokioisten välillä saatiin lunastettua omaksi.

Säännöllinen museojunaliikenne Jokioisten ja Minkiön välillä pääsi alkamaan 25.6.1978. Tämän jälkeen ovat junat kulkeneet katkoksitta kesäsunnuntaisin kesäkuun alusta elokuun loppuun. Yhdistyksen nimi muutettiin 1.3.1979 Museorautatieyhdistys ry:ksi.